Tente iniciar o Firefox com os complementos desativados. Se isso funcionar, algum complemento está causando isso. Caso contrário, você pode tentar iniciá-lo no modo de segurança.
Eu tive esse problema em 13.04 mas agora em 13.10 esse problema é muito mais perceptível. Quando o Firefox carrega a página, às vezes "esquece" de redesenhar a tela, então minha página fica como está, e quando eu passar o mouse sobre algumas partes do site, elas começam a aparecer. Às vezes eu tenho que aumentar e diminuir o zoom para forçar o Firefox a atualizar a tela. A aceleração de hardware está ativada, mas é a mesma quando eu a desligo.
Tente iniciar o Firefox com os complementos desativados. Se isso funcionar, algum complemento está causando isso. Caso contrário, você pode tentar iniciá-lo no modo de segurança.