Você pode instalar o Linux primeiro e depois disso o Windows.
Não tenho certeza se o Windows agora é capaz de detectar carregadores de inicialização já instalados. Quando o windows está sobrescrevendo o gerenciador de inicialização linux, você tem que iniciar seu sistema linux a partir de um live cd e reinstalar o bootloader. Os bootloaders do Linux podem detectar outros sistemas operacionais e podem iniciá-los.