Você é levado para a tela de bloqueio (login)? Ou está pendurado na tela magenta do Ubuntu?
Tente executar:
sudo shutdown -c
sudo shutdown -h now
-c cancela intervalos agendados e -h interrompe a sessão. Esses erros acontecem quando um aplicativo veta a parada; Verifique com o gnome-system-monitor se há algum script ou processo em execução que esteja causando isso. Feche-os e tente um desligamento normal no painel.