que dependem se você tiver uma partição separada para sua pasta pessoal. Se não, a sua pasta pessoal será apagada durante a instalação.
Manter / colocar de volta todas as pastas ocultas nem sempre é uma boa idéia, já que os arquivos de configuração não são necessariamente compatíveis com as versões mais recentes / antigas do programa a que pertencem. Eu recomendo apenas manter os arquivos de configuração que você realmente precisa / deseja manter.