Eu tive um problema semelhante no Ubuntu 12.04 e tentei esta solução descrita em um vídeo do youtube:
Tudo se resume a editar o arquivo /etc/modprobe.d/alsa-base.conf usando
sudo gedit /etc/modprobe.d/alsa-base.conf
e adicione a seguinte linha:
options snd-hda-intel position_fix=1
Meu microfone está funcionando agora, mas ouço algumas pequenas rachaduras.