Acabei de me deparar com um problema semelhante a este. Agora, não tenho certeza se isso resolverá seu problema, mas ajudou o meu! Basicamente o que aconteceu na minha situação foi: Quando eu fui reiniciar o meu Ubuntu Server, eu iria para meus bancos de dados apenas para descobrir que os dados estavam faltando .. mesmo que eu recentemente tivesse adicionado alguns para ele. Então fiz algumas pesquisas e, para cada Tabela, cliquei em Operações (misturado com as guias em cima) e notei uma propriedade chamada Storage Engine. Foi inicialmente definido para memória, que parecia fora de mim. Então, verifiquei meus outros bancos de dados e percebi que estavam todos configurados para o InnoDB. Então mudei as tabelas, no banco de dados com o qual eu estava tendo problemas, para o InnoDB e reiniciei o meu servidor para testá-los. Os dados foram salvos sem problemas!
Novamente, não tenho certeza se isso responde à sua pergunta, mas espero que ajude alguém a procurar na internet por uma solução para o mesmo problema que eu estava enfrentando.