Parece-me que você instalou o NetBeans a partir dos repositórios. Se você fez, vá para o Gerenciador de Plugins (que está nas janelas de ferramentas eu acho), e verifique se você instalou pelo menos os seguintes plugins:
- Ant
- Java
- Depurador de Java
- Branding do NetBeans
- plataforma NetBeans
Eu posso estar faltando alguma coisa, mas brincar com os plugins. Quando você instala o NetBeans a partir dos repositórios, ele não instala muitos plug-ins e o suporte a Java, como quase todo o resto do NetBeans, é um plugin.
Boa sorte!