A pasta /etc/cron.daily contém dezenas de itens (17 itens na minha caixa), e não é garantido que o logrotate rode primeiro.
Então, se você quiser que o logrotate seja executado exatamente na mesma hora todos os dias, faça-o como uma única entrada no crontab, como no tópico Relacionado: Especifique o tempo de rotação do log diário