Parece que sua janela do Chrome (sim) está fora da tela. Ainda está lá, só que você não pode ver. Se você quiser, pode executar:
ps ax | grep -i chrome
Para ver que o processo ainda está lá.
Então, como resolver esse problema. Um simples:
dconf reset -f /org/compiz/
unity --reset-icons &disown
No terminal deve fazer o trabalho. Se a janela ainda desaparecer, talvez seja necessário reinicializar o sistema para que as alterações sejam aplicadas.