Se você estiver usando um computador somente com Ubuntu, ou seja, livrando-se desse vírus chamado Windows,;) então eu inicializo de um LiveCD / USB e então reformato o HDD e depois instalo o Ubuntu.
Se você está indo para dual boot com o Windows, então você ainda deve fazer semelhante ao acima, mas apenas reformatar a partição ext4, como o Ubuntu usa ext4 por padrão.