Eu não acho que reconfigurar o tzdata seja a coisa certa a fazer. No meu sistema, eu configurei o fuso horário clicando com o botão direito do mouse sobre a hora no gerenciador de janelas e selecionando 'Configurações de data e hora'.
Há também um arquivo / etc / timezone - edite isso com as informações certas - Asia / Tokyo, eu acho.
A outra coisa é ter certeza de que o / etc / localtime está strongmente ligado ao arquivo correto em / usr / share / zoneinfo /, provavelmente / usr / share / zoneinfo / Asia / Tokyo.