Esta não é realmente uma questão específica do Ubuntu.
Manual: link
No entanto, você deve verificar se seus arquivos receberam as verificações corretas quando terminar.
Apenas um trecho do manual:
Continue a obter um arquivo parcialmente baixado. Isso é útil quando você deseja concluir um download iniciado por uma instância anterior do Wget ou por outro programa. Por exemplo:
wget -c ftp://sunsite.doc.ic.ac.uk/ls-lR.Z
Então, para o seu caso, tente:
wget -c http://kent.dl.sourceforge.net/project/opsi/opsi/4.0.3/opsi4.0.3-2-servervm.zip