Eu acho que você instalou o Ubuntu através do wubi. Por favor, remova isso e tente instalar no processo de inicialização do sistema. Para isso siga os passos mencionados aqui .
E durante a instalação, você pode escolher a opção do something else
para selecionar a partição e a área de troca. Não me lembro das opções corretas que o instalador mostrará, mas elas serão:
- instalar lado a lado
- remova janelas e instale
- faça outra coisa.
Nota: Por favor, certifique-se de que a partição selecionada é a partição que você deseja instalar no Ubuntu. Selecionar a partição incorreta pode acabar com as janelas também.