Este é um dos raros casos em que a quantidade é melhor que a qualidade. Eu duvido que você possa notar uma diferença entre PC2-5300 vs PC2-6400 no uso diário. Se você estiver em um orçamento, escolha a solução que lhe custa menos, a maior diferença vem da quantidade de RAM.
Dito isto, ter 2x2GB oferece espaço para expansões futuras, enquanto que com 4x1GB você provavelmente terá todos os slots obtidos. Portanto, uma escolha sábia pode ser pegar em cartões de memória maiores / mais rápidos. Claro, verifique se a nova memória é compatível com o seu processador / placa-mãe.