Geralmente, não é necessário executar o Centro de Software como root. (Eu entendo que você pode ter sido executado como root para tentar contornar um outro problema, eu tenho abordado isso abaixo). Se você executá-lo como um usuário normal e tentar instalar ou remover o software, ele irá pedir sua senha para executar apenas essa ação como root. Isso é feito automaticamente.
A condição real que você experimentou ao executar o Software Center como root com sudo é provavelmente um bug, mas é comum que bugs ocorram em softwares que são executados como root, quando os desenvolvedores não pretendiam isso para ser executado dessa forma.
Eu recomendo relatar um bug, mas a execução do Centro de Software como root provavelmente resolverá seu problema. (Basta executar: software-center )
Quanto ao problema de o Software Center não listar nenhum software: certifique-se de que o Software Center não esteja em execução, tente remover seus arquivos de configuração do Software Center específicos do usuário, seus arquivos de configuração globais e reinstalá-lo. Para fazer isso, abra uma janela do Terminal ( Ctrl + Alt + T ) e execute:
sudo killall software-center
sudo killall -KILL software-center
cd ~/.config && sudo rm -r software-center
sudo apt-get update
sudo apt-get --purge --reinstall install software-center
(Normalmente, não seria necessário executar rm -r software-center com sudo , mas desde que você tentou executar software-center como root com sudo direto pelo menos uma vez, o root pode possuir arquivos contidos nesse diretório No futuro, para executar um programa gráfico como root , você deve geralmente usar gksudo , sudo -H ou sudo -i e não simples sudo .)
Depois de executar esses comandos, tente executar software-center (não como raiz, não com sudo ) e veja se funciona. Se isso não ocorrer, edite sua pergunta para incluir todo o texto do terminal, iniciando com o início da linha na qual você digitou o primeiro comando listado acima e continuando até o final da saída de software-center .