Parece que você está no caminho certo. Instale as janelas antes que o Ubuntu funcione melhor.
Uma maneira de formatar a unidade é usar uma distribuição do Linux com o gparted nela que é executada a partir de um CD. Desta forma, a unidade não está montada. Eu não acho que você pode formatar com segurança uma partição raiz montada.
O que você deseja fazer no GParted é excluir toda a partição e, em seguida, aplicar, isso deve ser bom. O Windows deve poder formatar a unidade no processo de instalação do Windows. As janelas só criam uma partição por si só, deixando espaço para o ubunut.
Se você tiver problemas, poderá ir para o console do Windows no processo de instalação e executar 'fixboot' e 'fixmbr'. Quando você instala o ubunut, o grub assume o processo de registro de inicialização mestre.
Você está no caminho certo.