A resposta rápida é: não, não importa.
O formato de um disco de inicialização e o formato do seu disco rígido são duas coisas completamente diferentes. O próprio Ubuntu não pode ser instalado em uma partição FAT ou NTFS eo instalador o ajudará a selecionar um espaço não particionado ou a reduzir sua partição NTFS para permitir que um sistema Ubuntu seja instalado ao lado do que você já instalou.
Você pode acessar seus arquivos em qualquer partição FAT ou NTFS do Ubuntu após a instalação, desde que você não tenha escolhido destruí-la no processo de instalação.
PS: Se você já tem o Ubuntu instalado, a maneira recomendada de atualização é com update-manager . Pressione ALT + F2 e digite update-manager ou escreva update-manager no traço.