Pode haver várias razões, pode revisar quais podem se aplicar. O BIOS bloqueado ou a segurança (pode ser chamada de proteção contra vírus do setor de inicialização) no BIOS impede a gravação no MBR. Da mesma forma para o UEFI, alguns possuem uma partição efi defeituosa que não será gravada.
Além disso, se você tiver RAID ou Intel SRT, ou criar partições com o Windows e convertido em partições dinâmicas que não funcionam com o Linux ou se você instalou o Windows no modo MBR em uma unidade anteriormente gpt e sobrescreveu a meta gpt dados.