Isso é na maioria das vezes relacionado a hardware e não pode ser configurado via software, o Ubuntu não tem nada a ver com isso.
Se você quiser desativar o LED da caixa do computador, remova o fio da placa-mãe que o acende, mesmo se estivermos falando de um disco externo.
De uma caneta USB, não há muitas opções para isso, talvez matando-a eletronicamente?