Primeiro, tente sudo nautilus -q . Se isso não funcionar, faça logoff e faça logon.
Acabei de instalar no meu novo pc Ubuntu 14.04, e um dos primeiros programas que instalei é o Dropbox. Mas toda vez que ligo meu pc, ele me pede para reiniciar o Nautilus por causa do Dropbox. Se eu reiniciar o Nautilus, isso acontecerá novamente.
Primeiro, tente sudo nautilus -q . Se isso não funcionar, faça logoff e faça logon.