Acho que você deve considerar o seguinte:
- Crie seu próprio Repositório APT personalizado usando informações de aqui , por exemplo, mas há alguns mais lá fora.
- Sincronize apenas o que você deseja que os usuários vejam
- Altere as listas de fontes da área de trabalho de seus usuários para este repositório
Neste ponto, seus usuários só devem ver o que você deseja que eles vejam. Você também pode ter que fazer um footwork sofisticado com firewalls para desabilitar o acesso a fontes padrão do ubuntu, para que seus usuários não os adicionem como fontes personalizadas e comecem a baixar coisas por conta própria.