Você tem que fornecer detalhes completos do seu PC, mas de qualquer maneira ..
Se você estiver usando uma placa gráfica nVidia ou AMD, será necessário atualizar os drivers e fazer alguns ajustes no CCSM (Gerenciador de configurações de configuração do Compiz).
Verifique estes links:
[HOWTO] Otimize o Minecraft para Linux
Ubuntu12.04 & amp; Correção de rasgo de vídeo (Nvidia)