Acho que o problema é causado por um erro em alguns dos arquivos de configuração da unidade. Lembra daquelas unidades IDE que estragariam se o jumper estivesse no lugar errado? Você teria um erro semelhante. Eu acho que é semelhante, mas com um arquivo na própria unidade.
Eu sei que você realmente não quer restaurar o MBR, mas acredito que essa é a sua melhor aposta. Você não precisa fazer outro CD ao vivo para obter o reparo de inicialização, basta usar o seu existente e restaurar o MBR de lá.
Aqui está a página com instruções