Você pode instalar o Ubuntu na mesma partição onde a versão anterior do Ubuntu está instalada. O gerenciador de inicialização do Windows não será afetado de forma alguma.
Meu jovem instalou o Ubuntu usando um instalador do Windows. Eu tentei desinstalar usando a desinstalação incluída no diretório do Ubuntu no Windows. Isso não funciona. É seguro para mim instalar o Ubuntu de um CD sobre a versão que já está lá. Haverá um problema com a inicialização dupla ou a nova instalação substituirá o carregador de inicialização do Windows que a instalação anterior configurou?
Você pode instalar o Ubuntu na mesma partição onde a versão anterior do Ubuntu está instalada. O gerenciador de inicialização do Windows não será afetado de forma alguma.