A menos que você descubra qual programa está aumentando a CPU, não será possível resolver o problema. Use um monitor do sistema, como System Monitor ou htop , para ver qual programa é responsável por consumir sua CPU. Pode ser Nautilus, ou pode ser outra coisa.
No meu caso, o Compiz consome muita CPU. A única solução que encontrei é executar um ambiente que não usa o Compiz, como o Unity 2D ou o Gnome Shell.