Na minha experiência, tais problemas ocorrem quando você usa cds regraváveis. Obtenha um CD ao vivo que seja capaz de instalar o Ubuntu adequadamente. Em seguida, instale-o na partição que não possui dados do Windows. A instalação também deve instalar o grub, que permitirá inicializar em qualquer um dos seus sistemas operacionais.
Mesmo que você não consiga recuperar janelas, poderá recuperar seus arquivos.