Tenho certeza de que não há uma maneira trivial de impedir a exclusão de mensagens. Mas você pode bloquear o pref do usuário (e todas as configurações do Thunderbird), consulte: link
Como posso evitar que um usuário exclua mensagens e altere as configurações do Thunderbird?
Eu não quero que os usuários possam excluir nenhuma mensagem ou alterar as configurações do Thunderbird: somente um administrador deve poder alterar qualquer coisa no Thunderbird.
Como posso conseguir isso?