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Não, em todas as perguntas. Mas não se preocupe e fique com o que está instalado por padrão. Todos nós fazemos. Bem quase todos nós fazemos. Se um kernel mais novo se tornar disponível (principalmente a partir de atualizações de segurança), você receberá um aviso de atualização e o sistema cuidará disso.
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Depende do aplicativo. Em geral, você precisa atualizar manualmente, mas às vezes tem um atualizador automático. Exemplo: Aptana IDE; você mesmo o instala através de um arquivo tar, mas ele avisa e atualiza se você o deixar dentro do Aptana.
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Há uma lista de gerenciadores de downloads aqui: link , mas eles são na maioria navegadores únicos (firefox).