Bem-vindo ao Ask Ubuntu! Tente fazer o mesmo em um Ubuntu 12.04.2 LTS Live USB. Mas eu não recomendo que você use uma ferramenta de reparo MBR para Windows in Wine em um Live USB (pessoalmente). Haverá uma solução para o seu problema com as ferramentas GNU / Linux.
Eu recomendo o Ubuntu 12.04.2 LTS porque é a segunda versão do Ubuntu 12.04, que é mais testada e mais estável que a 13.04. E eu não recomendo que você use o programa EasyBCD no Wine em um Live USB porque o Wine não é suposto para gerenciar o formato ext4 como um NTFS, então, o que eu acho que vai acontecer é "reparar" um C simulado: / disk drive dentro da pasta .wine. É por isso que eu acho que você precisa de uma ferramenta para o GNU / Linux ou um disco de reparação de inicialização do Windows (se você estiver fazendo tudo isso para reparar a seqüência de inicialização do Windows).