Então, você particionou o disco sozinho ou diminuiu a partição do Windows? A melhor maneira é apenas reduzi-lo e deixar espaço no final do disco para que o instalador possa particioná-lo.
Em seguida, você deve escolher instalar no live-CD (em USB ou qualquer outro) e escolher 'alguma outra coisa' no instalador.
Então você deve especificar as partições que você gostaria de usar (ou espaço livre), se você gostaria de particionar esta partição, quão grande deveria ser e onde montá-las.
Você deve pelo menos ter a partição / escolhida em algum lugar. (um par de GB é suficiente) Aconselhável é uma partição separada / home. (porque a reinstalação é muito mais simples) Escolha particioná-los para ext4.
O instalador deve instalar o grub para todo o disco. Se pedir, escolha instalar para todas as partições.