Você converteu seus nomes de tabela de banco de dados existentes em minúsculas antes de reiniciar o MySQL? A documentação no site da MySQL tem instruções.
Eu estava planejando mover o mysql DB do Windows para o Ubuntu. Sempre que tento alterar lower_case_table_names para 1 (para insensibilidade a maiúsculas e minúsculas) usando a consulta set, ele diz que é uma variável somente leitura.
Quando tentei atualizar o arquivo my.cnf e reiniciei o serviço, ele não mostrou erros, mas a nova configuração não foi carregada.
Destination
OS :Ubuntu 12.04
Mysql : 5.5.22
Você converteu seus nomes de tabela de banco de dados existentes em minúsculas antes de reiniciar o MySQL? A documentação no site da MySQL tem instruções.