Provavelmente, sua tabela de partições está danificada. Há uma boa chance de que meu programa FixParts possa resolver o problema, mas não posso prometer isso. Você pode executá-lo a partir do Windows (usando uma janela Prompt de Comando do Administrador) ou usando um disco do Linux no modo Live CD. (O IIRC, FixParts está incluído no pacote gdisk
do Ubuntu, então você pode precisar instalar isso.)