Ok, então eu percebi isso e eu acho que deveria fechar este tópico. para qualquer pessoa interessada ou para referência futura, esse erro que eu experimentei foi resolvido da seguinte forma -
Basicamente, o Docky não estava começando de novo porque, apesar de desativá-lo do Unity, seu processo ainda estava ativo, então, encerrando-o com a ferramenta de monitoramento do sistema, o processo foi encerrado de uma vez por todas e isso me permitiu para executar o Docky novamente.