primeiro, eu não acho que o git seja uma boa solução para arquivos binários.
talvez seja melhor usar a máquina virtual no virtualbox, onde você pode criar instantâneos (quantos você precisar) de todo o sistema
para alterar o sistema de arquivos (como eu sei) você precisa formatar a partição (não sei sobre o zfs, mas você pode usar o Gparted, talvez ele possa, o gparted é um gerenciador de partição avançado, amigável ao usuário)