Eu tenho um script que pega alguns dados genéticos e os executa em dezenas de programas para tentar extrair o máximo de informações possível e fazer alguns relatórios bonitos. No entanto, embora pareça funcionar bem com o Windows, não consigo fazê-lo funcionar no Ubuntu 12.10.
Ele deseja usar alguns softwares do pacote tigr-glimmer , long-orfs , extract , etc. (veja abaixo), e parece que o script fornecido espera que eles sejam binários separados. Quando instalados, no entanto, eles realmente parecem ser "subprogramas" (?) De um binário tigr-glimmer , que precisam ser executados como tigr-glimmer long-orfs ou algo semelhante. Eu tentei criar um alias para transformar long-orfs em tigr-glimmer long-orfs , mas isso parece não ter efeito.
Posso de alguma forma fazer um link entre os dois, ou melhor, como devo corrigir isso? O script Python está aberto para mim, mas eu prefiro evitar abrir essa lata de worms. Parece varrer pelo env. caminhos para um conjunto de strings dadas (por exemplo, long-orfs ...) procurando por um arquivo executável, que aparentemente meu alias não qualifica como. Se eu mudar como isso funciona, então eu preciso mudar dezenas de chamadas espalhadas sobre vários arquivos ...
Eu quase não tenho experiência em Linux, então meu senso de como fazer isso é quase certamente errado. Por favor, me endireite: P
ubuntu@domU:~$ python run_antismash.py --clusterblast P115_92.gb
ERROR: Failed to locate executable for 'long-orfs'
ERROR: Failed to locate executable for 'extract'
ERROR: Failed to locate executable for 'build-icm'
ERROR: Failed to locate executable for 'glimmer3'
ERROR: Not all prerequisites met
ubuntu@domU:~$ alias long-orfs
alias long-orfs='tigr-glimmer long-orfs'
ubuntu@domU:~$ long-orfs
Starting at Fri Mar 15 22:08:17 2013
USAGE: long-orfs [options] <sequence-file> <output-file>
Read DNA sequence [...]
Para meu caso específico com tigr-glimmer , os subcomandos individuais são, na verdade, binários individuais em /usr/lib/tigr-glimmer , portanto, adicioná-lo a PATH deve ser suficiente.
Geralmente, fazer um script shell binário falso também funcionaria, por exemplo
#!/bin/bash
tigr-glimmer long-orfs "$@"
Adicione o diretório ao PATH envvar, ou apenas copie-o para /usr/bin ou algo que já esteja em PATH .