Se você instalou o Ubuntu usando o instalador real, basta instalar o GRUB na unidade interna. Se você usou o instalador USB, precisa procurar na BIOS.
Eu tenho o mesmo problema que Por que meu disco rígido externo não funciona? inicializar
Eu tentei todas as soluções sugeridas na web, até mesmo eu removi o disco rígido interno e deixei a instalação usar todo o tamanho do disco rígido externo para instalá-lo, mas ele ainda não consegue inicializar.
laptop: emachine e730 * core i3 disco rígido externo: Apacer 1TB AC233 USB3.0 Portable External
Se você instalou o Ubuntu usando o instalador real, basta instalar o GRUB na unidade interna. Se você usou o instalador USB, precisa procurar na BIOS.
Nem todo HDD externo pode ser usado para inicializar sistemas operacionais. Esta é uma triste verdade que tive de descobrir com o meu Iomega HDD externo de 500 GB, que requer uma conexão de energia. Se o seu disco rígido externo também requer uma conexão de energia separada, provavelmente não funcionará.
Outra coisa importante é a interface que ele usa para se comunicar com a máquina, deve ser USB.
PS: Acabei de ver imagens do seu HDD ! on-line, então, a menos que eu tenha as fotos erradas, acredito que seja capaz de inicializar um sistema operacional. Parece que a teoria da BIOS é melhor.