Eu tive um problema semelhante quando instalei o Kubuntu 13.04 no meu laptop, o hibernate se comportaria como você mencionou ... Eu corrigi-lo desativando meu módulo Bluetooth. Parece que, ocasionalmente, os drivers Bluetooth, WLAN e Ethernet podem interferir na hibernação.
Talvez tente desabilitá-los sistematicamente e ver se seu problema de hibernação ainda ocorre.