Eu tive um problema semelhante e tudo o que eu precisava fazer era o seguinte:
crie um novo, por exemplo, um diretório de filmes para o plex:
$>mkdir Movies
$>chown -R plex:plex Movies
$>mount --bind real_movie_dir Movies
inicie o plex e adicione o novo diretório Movies.
Nota: use o seu diretório Movies criado recentemente e não use o real. Depois de uma reinicialização, você precisa ligar o diretório antes de iniciar o plexmediaserver.
Espero que isso também corrija seu problema.