Eu não vejo informações suficientes no site do cryptkeeper especificamente, mas eu acho que o caso é que, quando o cryptkeeper está descriptografando a pasta, na verdade não descriptografa tudo. É somente quando você está realmente abrindo um arquivo, particularmente um grande, que uma grande quantidade de dados é descriptografada e onde a lentidão pode ocorrer. O processo de criptografia levou mais tempo porque era a pasta inteira e o conteúdo que estava sendo descriptografado. Parece que o cryptkeeper usa o EncFS, um projeto que você pode aprender mais sobre o funcionamento aqui: link