A versão do Skype no Ubuntu Software Center está atualizada e inclui plug-ins para 64 bits.
Minha sugestão é desinstalar o Skype que você baixou do site e instalar a versão do Ubuntu. Abra um terminal ( Ctrl + Alt + T ) e digite:
sudo apt-get purge skype
Isso solicitará sua senha.
Em seguida, instale o Skype a partir dos repositórios padrão. Em um terminal, digite:
sudo apt-get update
sudo apt-get install skype
Também recomendo que você atualize todos os seus pacotes com:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade