O Ubuntu Certified Hardware praticamente garante uma máquina totalmente funcional, incluindo o gerenciamento adequado de ventiladores. Nunca tive problemas com o Linux com uma Lenovo certificada e, se você fizer isso, a Dell ajudará você a resolver o problema.
O controle de ventoinha e o gerenciamento de aquecimento geralmente são compatíveis com todos os laptops, desde que sejam compatíveis com ACPI. E de acordo com a esta entrada Wiki do ArchLinux, o ThinkPad T41 tem excelente suporte a ACPI e suporta quase todas as funções relacionadas a ele, incluindo controle de ventilador e gerenciamento de calor.
Esse parece ser o menor dos problemas com o uso desse laptop com o Ubuntu. No entanto, de acordo com isso Pergunta AskUbuntu, parece que pode não ser rápido o suficiente para o Ubuntu 12.10. Eu recomendaria ficar com 12.04 ou Lubuntu para aquele.