O usuário que fez a pergunta Dual Boot Issue, Windows 7 64 bits Ubuntu 12.10 64 bit confirmado (mais abaixo na seção de comentários) que o Grub2 pode carregar o Win7 mesmo depois que a partição System Reserved é excluída.
Mas talvez você possa primeiro fazer um backup da partição, formatá-la e garantir que ela funcione para você também antes de excluir a partição.