Eu tive um problema semelhante no meu laptop Dell Studio XPS com o Ubuntu 11.04. Basicamente, o kernel não tinha o controle adequado da CPU, e aqueceria muito rapidamente desnecessariamente. Uma vez 12.04 saiu, as correções estavam lá para resolver o problema, e eu não tinha mais que arrastar meu fã comigo! Infelizmente eu não sei o suficiente para te apontar na direção do que exatamente é o problema, mas se você reportar o bug eu tenho certeza que alguém será capaz de chegar ao fundo dele!