Se você inicializar a partir de um Live CD, você pode montar e acessar o arquivo casper-rw no USB persistente usando:
sudo mkdir /media/casper
sudo mount -o loop casper-rw /media/casper/
Você pode, então, mover o conteúdo do arquivo casper-rw para uma partição ext2 chamada casper-rw, (na unidade persistente) e, em seguida, excluir o arquivo casper-rw.
Eu não tentei este método exato, então é melhor manter uma cópia do arquivo original casper-rw como backup.