Pendrive como meio de instalação
Parece que você quer usar seu pendrive como meio de instalação. Você pode conseguir isso facilmente usando um programa chamado unetbootin ( link ). Você pode instalá-lo no Ubuntu Software Center (ou na interface do gerenciador de pacotes de sua escolha) ou digitando sudo apt-get install unetbootin . Se você está no Windows ou Mac OS X agora, pode baixá-lo do site.
Para instalar o Ubuntu ISO no pendrive, siga os passos fornecidos pelo unetbootin. Você provavelmente precisa de permissões de administrador no Windows ou permissão de root no Mac OS X ou GNU / Linux.
Pendrive como alvo de instalação
Se você realmente deseja instalar o Ubuntu em um pendrive (não usá-lo como meio de instalação, mas como "disco rígido principal" para o seu Ubuntu), uma maneira é simplesmente instalá-lo no pendrive através do instalador regular. Há outra forma de fornecer algum tipo de modo híbrido entre a instalação e o Live-Medium, mas eu realmente não sei como isso funciona.