Pessoalmente, tentei ambos em um contexto de servidor doméstico e agora estou com o Desktop. Não há nada que me faltou na versão desktop e uso o ambiente gráfico que conheço e amo.
Se você ainda estiver usando o HDD externo em sua capacidade de NAS, o único problema que tive foi montar permanentemente os compartilhamentos SMB no Linux. Estou tendo dificuldades para fazer com que as contas de usuário fiquem alinhadas (é preciso combinar automaticamente pelo nome da conta de usuário, mas, na minha situação, elas não funcionam)
Se você está dedicando-o atrás do servidor (USB ou apenas colocando-o dentro da máquina) você certamente não terá tais problemas.
Se, no futuro, você estiver procurando por um NAS realmente classificado, recomendo qualquer coisa da Synology.
Exceto, é claro, não conseguir que as permissões de compartilhamento SMB funcionem ainda.
Eu provavelmente deveria usar o NFS.