Provavelmente, o disco precisa ser verificado com um utilitário de verificação de sistema de arquivos. Você precisará fazer isso no Windows, com o utilitário FSCK ou um front-end da GUI, já que não há nenhum utilitário adequado no Linux. Uma vez feito isso, certifique-se de desligar corretamente, pois se você apertar o botão liga / desliga, o disco não será desmontado adequadamente e você provavelmente terá o mesmo problema novamente.
Mais um ponto: o Windows 8 usa um recurso de "inicialização rápida" por padrão, mas isso é essencialmente uma suspensão para o disco em vez de um desligamento. Você deve desativar esse recurso quando estiver com a inicialização dupla ou arriscar danificar o sistema de arquivos. Você pode ativar ou desativar esse recurso nas Configurações do sistema; consulte aqui para obter detalhes ou faça uma pesquisa na Web para encontrar outras descrições.