O que você pode fazer é tentar recarregar o gnome executando o seguinte comando em um terminal
DISPLAY=:0 gnome-shell --replace
uma vez que você executar este comando você pressiona Ctrl - Alt - F7 e você o GNOME estará ativo novamente :)
Sempre que eu mover / copiar / renomear um arquivo usando o Nautilus, ou baixar um arquivo usando o Firefox, o Gnome-Shell congela por cerca de 5 a 10 segundos. Apenas o mouse ainda responde, mas não consigo clicar ou manipular nada. Isso é imensamente frustrante. Não vejo mensagens de erro explícitas. Estou usando o Ubuntu 12.10. Há algo que eu possa fazer para consertar isso?
O que você pode fazer é tentar recarregar o gnome executando o seguinte comando em um terminal
DISPLAY=:0 gnome-shell --replace
uma vez que você executar este comando você pressiona Ctrl - Alt - F7 e você o GNOME estará ativo novamente :)