Parece que foi um problema do BIOS. Alterar várias configurações do BIOS parece ter resolvido o problema. Provavelmente eu estava mudando o valor de "Wake on AC" para desativado, o que causou o problema no primeiro caso. Para referência futura, o problema parece ter sido o valor de "Alarm_irq" sendo alterado para "no" em vez do "sim" que deveria ter sido, durante o desligamento ou reinício.