Ter o nautilus gerenciando a área de trabalho é padrão no Ubuntu 11.10 . Mas se você quiser desabilitar este recurso, você pode instalar o gnome-tweak-tool
através do Ubuntu Software Center ou apenas colar em um terminal:
sudo apt-get install gnome-tweak-tool
Após a instalação, encontre-a no seu traço. A opção está em Desktop e depois em o gerenciador de arquivos controla a área de trabalho .